Amandine Beyer ha studiato violino al Conservatoire de Paris e alla Schola Cantorum di Basilea nella classe di Chiara Banchini, beneficiando anche dell'insegnamento di Christophe Coin, Hopkinson Smith e Pedro Memelsdorff.
Nel 2001 ha vinto il Primo Premio al Concorso Antonio Vivaldi di Torino.
Da allora si esibisce in tutto il mondo come solista e concertino, nonché con il proprio ensemble Gli Incogniti, fondato nel 2006.
Il gruppo affronta il repertorio barocco e classico — Bach, Vivaldi, Couperin, Haydn, Mozart — in uno spirito di libertà, piacere e condivisione.
Esegue musica da camera con partner quali Pierre Hantaï, Kristian Bezuidenhout, Andreas Staier e Giuliano Carmignola, spaziando dal Barocco al Romanticismo.
Nel 2015 ha fondato il Kitgut Quartet, quartetto d'archi che suona esclusivamente su strumenti storici.
La sua discografia, come solista e con Gli Incogniti, è stata unanimemente acclamata dalla critica e ha ottenuto i massimi riconoscimenti: Diapason d'Or, Choc de l'année, Gramophone Editor's Choice e ffff di Télérama.
Insegna violino alla Schola Cantorum di Basilea dal 2010.
Nel 2017 ha fondato, insieme a Gli Incogniti, un'accademia di musica da camera per giovani ensemble barocchi, che include anche laboratori di lavoro sul corpo.
Dal 2025 è direttrice musicale dell'Orchestre Français des Jeunes.